Le dédouanement est la procédure administrative obligatoire par laquelle l'importateur (ou son transitaire) déclare les marchandises à l'administration douanière, paie les droits et taxes applicables, et obtient le bon à enlever (BAE) pour libérer les marchandises. Les principales étapes : (1) dépôt de la déclaration en douane (DUM — Déclaration Unique de Marchandises ou son équivalent national), (2) classification tarifaire des marchandises selon le Système Harmonisé (SH), (3) calcul des droits de douane (valeur en douane × taux SH × régime préférentiel éventuel), (4) contrôle physique ou documentaire par les agents douaniers, (5) paiement et libération. La durée varie de 1 à 10 jours selon le port et le pays. En Afrique, la numérisation douanière (ASYC-uda, SYDONIA, Asycuda) accélère les procédures dans de nombreux ports.
En règle générale, la méthode principale est la valeur transactionnelle (prix payé ou à payer pour les marchandises + coûts d'assurance et de fret jusqu'au port d'entrée). C'est la méthode GATT/OMC Article VII, adoptée par la quasi-totalité des pays africains.
Les marchandises restent bloquées en zone sous douane (entrepôt portuaire). Des frais de magasinage (demurrage) s'accumulent quotidiennement. En cas de non-paiement prolongé, les marchandises peuvent être saisies et vendues aux enchères par la douane.